TablePlusはDBクライアントとして、とても便利なツールなのですが、sshのconfigファイルを分割していると、設定がそのまま使えません。
その原因として、config内のIncludeディレクティブが考慮されていないようです。
現状、私が見つけた解決策としては、configファイルを分けずにインラインで書くということです。
ただ、configファイルが長くなって個人的にはあまり好きではないので、Includeの先を読み込んで1つにするスクリプトを作成して対応しています。
そのコードについてはまたどこかで公開したいと思います。